笔头：马克笔的笔头一般是扁的，水彩笔的笔头一般是圆的。

类型：马克笔有水性和油性2种，水彩笔只有1种，即水性。

叠色：马克笔能叠色，水彩笔不能叠色，马克笔比水彩笔更容易上色。

产品：马克笔大部分可以散卖，水彩笔则一般是12色、24色、36色的盒装卖。