神奇阿呦描述了，三年级小学生小米有很多苦恼和心愿，他独自一人冲着夜空说出心愿，被巧合路过的流星型宇宙人阿呦听见。阿呦有着在每个星球中间瞬间穿梭的能力，能够帮助他人完成不同的心愿。小米把阿呦当作同伴带到自己的家。从此，三年级小学生小米的生活开始变得十分有趣，阿呦通过自己的在星际间瞬移的能力，寻找各式各样神奇的道具，连续不断帮助小米完成各种心愿。第2季是第一季故事延续，围绕着新出现的阿巴，描述了阿呦和阿巴在地球上共同帮助他人完成心愿而引发的爆笑事件。神奇阿呦相比于星游记而言更偏低龄化一些，可以说，这部动画主要面向的还是广大儿童。在其中，主要围绕着主人公小米与阿呦，为我们展现了各种奇思妙想的神奇物品，以及对神秘而广阔的宇宙的种种猜想。同时，也描述了围绕着主人公的亲情和友情，一方面娱乐儿童，另一方面，也是给广大儿童提供正能量，引导他们更好的去面对种种困难，充分发挥自身的想象力。这也使得这部动画作为一部偏低龄化的动画而言，当真可以说是做得相当不错的，能够很好的引导广大儿童。