穆念慈最后的结局在《射雕英雄传》中是怀着杨康的孩子，独自返回牛家村把孩子生下抚养，杨康死在铁枪庙，穆念慈悲痛欲绝。

而《神雕侠侣》中，对穆念慈最后结局的描述是穆念慈在牛家村生下杨过后，家中的日子过得很是清苦，在杨过十一二岁的时候就因病逝世了。

穆念慈是一个父母双亲都因病逝世的孤儿，后来被杨康的父亲杨铁心收养作为义女，穆念慈从小就心地善良、温柔可人、外柔内刚。她与杨康的相遇是在一次比武招亲上，这是初次相遇，穆念慈就对杨康产生了好感。起初杨康也是很爱穆念慈的，这种爱很青涩，不掺杂一丝不好的东西。

可是杨康终归是不甘平凡的人，他怎么可能会被爱情牵绊住。他变得越来越坏，为了权力欲望与金钱不择手段，哪怕是穆念慈他也可以忍心抛弃，并且做出伤害她的事情。后来，穆念慈真的对他感到伤心绝望才独自返回牛家村的，但是她的心中还是爱杨康的，从她独自把杨康的孩子生下来并抚养长大就可以看出。