鸣人和佐助的因缘之战结束2年之后，木叶忍者村即将迎来冬日的祭典。火影忍者在拉面店里的“一乐”正和成长中的伙伴们共度快乐时光。在那之中，带着自己偷偷编织的围巾的雏田仍然没能传达自己的心意。雏田对于只能一直在旁边守望的自己感到厌恶。这时，一个神秘的人突然出现了。危急关头，火影忍者前来营救雏田，但那个男人却留下：“你们将迎来灭亡的命运。就在这时，伴随着强烈的光芒，陨石贯穿了夜空……

五影会谈在紧急情况下开始。列国首长雷影、水影、土影、我爱罗。当月亮不断接近地球时，它的碎片会掉到地上。可以说，人类末日的倒计时已经开始。忍者陷入混乱。鸣人与小樱、鹿丸、佐井以及雏田开始调查，并到达一个异质的地下空间，上面刻有巨大的咒语。在那里等着他们的是“某个计划”和大筒木舍人。这个人的真正身份是曾经与鸣人、佐助展开殊死决斗的查克拉之祖大筒木辉夜的子孙。他的祖先，曾经与火影忍者和佐助战斗过。在那一刻，领导傀儡队的祭祀人物出现，以压倒性的力量击败了鸣人等人。在即将到来的地球末日，我们所有人都有着超越时空、挑起激烈冲突的不屈意志！