1.科属不同。

“云芝”属多孔菌目孔菌科云芝属，又称彩云革盖菌或瓦菌，是多孔菌科植物云芝的子实体或菌丝体，是一种大型珍贵药用真菌。“灵芝”又称林中灵、琼珍，是多孔菌科真菌灵芝的子实体。属多孔菌目灵芝科灵芝属 ，两者同目不同科，不同属。

2.主要功效不同。

“云芝”主要功效是提高机体免疫机能、抑制肿瘤生长、保肝护肝、是肿瘤治疗过程的有效补充、缓解白血球低下、健脾利湿、清热解毒及抗顽疾等作用显著。

“灵芝”对于增强人体免疫力、安神定志、调节血糖、控制血压、促进睡眠等方面疗效较好。

3.外观不同。

从外观上判断，“云芝”与“灵芝”最大的区别就是“云芝”没有菌柄，且“云芝”外观观赏价值高，黑白色，有纹路，纤维结构。