1.奶源地不同。有机奶的奶源地杜绝使用任何化肥农药，不允许使用转基因种源，相比之下绿色食品及无公害食品限量允许使用化肥农药，并对转基因种源未作出规定。有机奶源地的空气质量、水质、光照时间都有着严格的要求。

2.奶牛的饲料不同。有机奶牛所吃的饲料必须是在非杀虫剂环境下生长的——无论是青草还是谷物。奶牛的饲料都是有机牧草，不使用任何化肥农药，禁止添加使用生长激素、饲料添加剂、抗生素之类的物质，其营养价值比普通牧草也要高。

3.产奶控制不同。有机奶牛生长过程符合生物自然法则，有机奶牛必须进行放牧，并且只在哺乳期产奶。

4.生成过程不同。有机奶的生产过程中不允许使用任何激素和抗生素。从奶源、生产过程到加工，整个产业链都是有严格要求的。杜绝任何化学合成物的添加及环境的污染，并要求企业建立乳品质量安全控制体系。

蛋白质含量高低主要取决于牛的品种、健康状况、营养状况、所处产奶期等因素，和是否有机饲养并无必然关系，动物产品的蛋白质高不高，与是否采用有机饲养之间没有一定规律可循。所以从营养成分来说，有机纯牛奶和普通纯牛奶并没有太大差别。