故事从小丑带着手下抢了一家黑道的银行开始，手下们被小丑的伎俩玩弄，开始自相残杀。当假冒的蝙蝠侠试着阻碍黑道与稻草人之间的交易。此时真的蝙蝠侠现身，而后他在战斗中因为盔甲太过笨重而受了伤，让他想重新设计蝙蝠装。蝙蝠侠、高登队长和新的检察长哈维丹特计划将黑帮斩草除根，哈维就能当上公开的英雄。同时布鲁斯发现瑞秋在与丹特交往。黑帮老大开会讨论如何对付蝙蝠侠、高登和丹特，华裔的黑帮会计刘先生告诉黑帮老大，他抢先在丹特所策划的扣押黑钱计划执行前，就将黑道的钱移往香港。小丑突然现身并提议用一半的黑钱，来雇用他杀死蝙蝠侠，遭到黑帮拒绝。当蝙蝠侠顺利抓住逃回香港的刘并转交给高登后，黑道同意雇用小丑杀死蝙蝠侠。此时小丑向全高谭市宣布，只要蝙蝠侠一天不自首，往后每天都会有人死亡。但是在他自首前，丹特却抢先宣称自己就是蝙蝠侠，希望借此引出小丑。小丑中计，现身想劫持押送丹特的卡车，却被高登和蝙蝠侠阻止，并被逮捕。蝙蝠侠开始审问小丑，他透露瑞秋和丹特已被带到城市的两端，并放置了两个遥控炸弹，之间的距离让蝙蝠侠无法将他们同时救走。蝙蝠侠立即出发去救瑞秋，同时高登和警察去救丹特。

但小丑故意将瑞秋与丹特的位置说反，让两人救的对象也正好相反。通过炸弹的掩护，小丑和刘先生顺利逃出警局。蝙蝠侠即时救到丹特，但丹特被火烧掉了左半张脸，被送往医院。高登却没救到瑞秋，让她在爆炸中身亡。丹特因瑞秋的死陷入疯狂。此时小丑来到医院释放了丹特，并说服他必须向警察、黑帮、高登和蝙蝠侠复仇，丹特成为了双面人。当哈维一一质问并用硬币决定贪污警察和帮派份子的生死时，小丑把一半黑帮的钱和刘先生一起烧掉，并再次向众人宣布他将会统治街道，留在高谭市的市民在夜晚来临时都将受他统治。桥和隧道因为小丑的炸弹威胁而封锁，政府开始以渡轮撤离民众。但是小丑已事先在两艘渡轮上放了炸弹，一艘载着普通民众，另一艘载着囚犯，并告诉两边的乘客，自救的方法就是先用他准备的引爆器，引爆另一艘船只。否则，两艘船都会在午夜时被遥控炸毁。蝙蝠侠锁定了小丑的位置并阻止他炸毁船只。小丑被打倒后，了解蝙蝠侠是不可能堕落的，丹特却不是。小丑已将丹特的愤怒释放出来。蝙蝠侠发现丹特绑架了高登和他的家人，被带到瑞秋死亡的大楼残骸。丹特开始用掷硬币来决定他自己、蝙蝠侠和高登儿子的生死。丹特朝蝙蝠侠的腹部开了一枪。就在丹特决定小男孩的生死前，蝙蝠侠扑倒了丹特，两人同时坠楼，丹特无意识地死在地上。蝙蝠侠和高登知道若哈维谋察等5人的事传出去，会让城市混乱且道德沦陷，而这就是小丑的最大目的。蝙蝠侠说服高登，蝙蝠侠自己扛下这些罪名，以维持哈维的英雄形象。片尾高登不得不发出了对蝙蝠侠的追捕令，砸毁了蝙蝠信号灯，并给了蝙蝠侠黑暗骑士的称号。