1、定义不同：

干流，也成“主流”。它是由两条以上大小不等的河流以不同形式汇合，构成一个河道体系。在一个水系中,直接流入海洋、内陆湖泊或消失于荒漠的河流可称之为干流。例如：黄河干流全长5464公里，可分为上游、中游及下游三个河段。

支流，是指直接或间接流入干流的河流。在水文学上指汇入另一条河流（或其他水体）而不是直接入海的河流。

支流所汇入的河流称为干流或主流，两河或多河交汇处称为合流（或和流处）。

2、注入不同：

干流，注入另一水体（海洋、湖泊或其他河流）的水道，它从河口一直向上延伸至河源。

支流，沿河水流动的方向，其可分为左侧支流和右侧支流。支流一般是直接注入到干流。

3、流量不同：

干流，汇集着全域径流，是所经支流的汇总，其流量较大。

支流，相对干流而言，其流量相对干流较小。

4、地位不同：

干流，是水系中主要的或是最大的、汇集全域径流，是河道体系中级别最高的河流。

支流，是沿着河水流动方向而变化的，其只是干流中的一部分。