1937年，日军进到失陷的南京，奉命填埋中国死难战士和战俘尸体。此外，市区的圣马德伦教堂中迎来了一帮闯入者，十多个女学生和秦淮河女子，她们到这只求同1件事――逃难。随后，很多男人也因多种原因进入了教堂。围墙外的日军找寻多种理由进到教堂，圣马德伦教堂的后院变成他们填埋尸体遮盖罪证的目标，国际安全区的实施者尝试多种拯救教堂受困人员的计划，却屡次失败。

教堂中的男人们为了保护藏在教堂顶楼和地窖中的女人，献上了自己的生命，女人们或是选择了有尊严地死去，或是进行了最悲壮的抵御。在这四十九个日夜里，他们和她们，在千百次地求生、抵御中缔结了爱情、亲情和友情，曾经软弱的变成了真正的勇士；曾经迷失的找到新的方向；曾经虚无的获得了收获；曾有罪的也完成了自己的救赎。