捷德奥特曼战胜他的爸爸贝利亚奥特曼后，贝利亚的灵魂被封锁在异度空间，但其肉身却化成碎片飘落在宇宙，名为”恶魔残片”。一位不清楚其真面目的恶徒正借着这类恶魔碎片损害四方，并将其魔爪伸向了光之国。恶魔碎片能让怪物愈来愈残暴，运用恶魔碎片，它开始了毁灭行星，使宇宙陷入了困境，而下个目的是地球！赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼奋勇地站了出来，正脸迎战对方。经过几番对战，泽塔奥特曼孤身一个人追着怪物前往地球。在地球上，人们便于抵御平常出现的怪物构成了防卫军——怪物应对机甲队伍“军械库（STORAGE）”。在这支队伍中有一位热血男儿——夏川遥辉。宇宙怪兽抵达地球的那一瞬间，泽塔奥特曼和遥辉相逢了，此后二位热血男儿的战斗故事开始了。