鸣人与佩恩的战斗源：为替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的妙木山，作艰苦的“仙术”训练。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了百自然力量，深作将自来也的遗作——坚毅忍传交给鸣人。鸣人在九尾怂恿下准备揭开封印之时，四代封印的查克度拉现身阻止，鸣人才得知自己的身世，四代与鸣人交谈后重新封印九尾，并消失。鸣人脱离地爆天星的束缚，打败天道，并用逆向探查找到佩恩本体——长门。与鸣人的交谈中，长门被鸣人感化。放弃原定计划，知决定将梦想托付给鸣人，期盼鸣人能够完成几代人的使命，之后因施展外道·轮回天生之术复活卡卡西、静音、深作等所有死者而耗尽生命。鸣人送走小南，回到木叶。

这部动漫的简介是十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者学校，结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一，当他还是小孩的时候他的哥哥——一个已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了，然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸，佐助自小就发誓要超越哥哥，为家族报仇。鸣人他们在忍者学校得到了教官卡卡西的精心指点，在他的帮助下去迎接成长中的一次又一次挑战！