1、意思不同：“不以为然”的意思是“不认为是对的”，该词语常用来表示：（某人）不同意某个观点，或不认为某个观点。比如：“虽然妈妈没有说什么，但她心里却不以为然”。而“不以为意”的意思是“不将（某人或某事）放在心上”，比如：小明这次考了59分，但他却不以为意。

2、用法不同：在汉语中，“不以为然”既可以作“谓语”使用，又可以作“定语”或“状语”使用；而“不以为意”只可以作“谓语”使用。

3、出处不同：“不以为然”出自苏轼所写的《再乞罢详定役法状》，原句如下：“右臣先曾奏论前衙一役，只当招募，不当定差，执政不以为然。”而“不以为意”出自《三国志·吴书·陆凯传》，原句如下：“定大恨凯，思中伤之，凯终不以为意，乃心公家，义形于色，表疏皆指事不饰，忠恳内发。”