菜油在二十五摄氏度以下干燥、阴凉处，可以保存十八个月左右，如果吃了过期的菜油，对肠胃有一定的危害。一般来说，过期的菜油有一股怪味，所以不建议食用。

菜籽油建议使用不锈钢或者是塑料材质的容器，这样可以保存很长时间。在储存期间，不要溅水，这样可以延长保存期限。

如果菜籽油在长时间内处于高温下，油脂的化学反应和酶促反应会明显加剧，这个时候菜籽油的氧化反应会加快，还容易导致酸败。所以菜籽油建议远离炉灶和太阳照射，放置在阴凉处。

菜籽油氧气越浓，接触的面积越大，就会加快油脂的氧化，引起酸败，所以在吃菜籽油的时候，要及时盖紧油桶盖，在光照条件下，可以激活油中的氧和光敏物质，加速氧化酸败。

菜籽油不适合装在白色透明的玻璃瓶内，因为塑料的油桶有一定的透明度，桶装油应该避光，长期使用装油容器，最好是定期清洗，应该滤干水分之后再用，因为水的混入，会加速水解和氧化酸败。