童年的萧亚轩与弟弟在乡下的姥姥家度过，受过日式文化的外婆，不但没有对姐弟俩太过宠爱，反倒教导得非常严格，当时开朗好动的萧亚轩从小受传统文化，针对长大以后的理想，从没想过与唱歌和舞台有关。小学阶段，萧亚轩在乐团吹口风琴，此外，她也是体育队的队员。96年，十七岁的萧亚轩离开家中，远赴加拿大学习设计。98年，在朋友的鼓舞下，萧亚轩报名参加了华人新星歌唱比赛。
九八年，萧亚轩在温哥华留学时报名加新星歌唱比赛温哥华选拔赛而赢得维京音乐责任人姚谦的器重，经纪公司决定让萧亚轩与另外1名参与者蜜雪和其姐妹等3人组成“Phenomenon”演唱团体，因另外2名团员不适合台湾的推广方式所以退出，因此萧亚轩变成独立歌星，開始演艺生涯。99年，萧亚轩推出个人第一张同名的专辑萧亚轩，在台湾卖掉超出五十万张，变成年度台湾唱片销量冠军，她凭着该专辑赢得中国时报10大超人气歌星；同1年，萧亚轩在EMI全球会议上，取代了宇多田光，变成销售冠军新星。