药师殿主要是祈福，求远离各种身心病苦，当然了，这只是一种美好的祈愿，最主要的作用是心理寄托，让心灵有个依靠，从而减缓心理压力。

药师殿也称药王殿，供奉“东方三圣”。主供东方净琉璃世界药师佛，左右胁侍为日光、月光两菩萨。药师殿是一座前三、后三、六耳的四合院殿宇。殿内有云南山茶花两株，相传为元代莲峰和尚手植。一株为“麻叶桃红”，另外一株为“松子鳞”。这两株云南山茶花，是昆明市园林局挂牌的古树名木。