淀粉遇碘变蓝的原理是：淀粉与碘反应生成了一种包合物，包合物是碘分子跟暴露在直链淀粉螺旋体外的羟基发生包合作用，使碘分子嵌入淀粉螺旋体的轴心部位而生成的。

包合物会呈现出不同的颜色，颜色与淀粉的聚合度或相对分子质量有关。直链淀粉的聚合度是200～980或相对分子质量范围是32000～160000时，包合物的颜色是蓝色。