该片讲述的是龙门客栈被烧毁三年后的故事，明朝西厂督主雨化田追杀怀了龙胎的妃子和抗击朝廷的赵怀安而来到这处客栈，当年风骚的老板娘金镶玉早已神秘失踪，只剩下逃过火劫的伙计们重起炉灶，痴等老板娘回来。西厂密探、鞑靼商队等江湖各路人马，再度相逢。几乎被世人遗忘的边关客栈，再次因缘际会地风起云涌。明朝宪宗年间，宦官弄权，滥杀贤臣。侠客赵怀安在营救忠良行动中，将恶贯满盈的东厂督主万喻楼一剑毙命，引来西厂督主雨化田，祭出天下格杀令。赵怀安等人一路亡命到嘉峪关的龙门，消失于铺天盖地的黑沙暴中。尘消风散后，西厂密探、鞑靼商队等江湖各路人马，再度投宿于龙门客栈这家大漠黑店。曾毁于大火的龙门客栈里，风骚的老板娘早已神秘失踪，只剩下逃过火劫的伙计们重起炉灶，痴等老板娘回来。几乎被世人遗忘的边关客栈，再次因缘际会地风起云涌，神密驻客风里刀的容貌，为何与雨化田如此相似？对客栈密道了如指掌的吹笛女子凌雁秋，又是何许人也？就在由雨化田亲率的西厂追兵赶来之际，地平线突刮起数条龙卷奇风，赵怀安横空飞出，欲与雨化田一决生死。大漠风烟间，一场天地变色的正邪之战，即将展开。

龙门飞甲是一部内外兼修的电影，3D效果好，同时也具备一切你能想到的武侠电影的元素：复仇、夺宝、江湖儿女情长、花样百出的兵器、阴谋骗局、刁钻迅猛的武功。最重要的是电影的故事不再是宫廷谜案或者历史名段，而是真正回到了“侠以武犯禁”的侠之精神的根本上。江湖豪侠因为看不惯东西厂独霸朝纲，杀害忠良，毫不犹豫地拔剑而出，以自身武力和性命反抗。